Très tôt, la papauté intervient ponctuellement pour assurer un meilleur contrôle de l'activité des inquisiteurs: 12 ans après avoir nommé les premiers inquisiteurs, dès 1248, par exemple, Innocent IV tente de rétablir une tutelle sur eux, plaçant ceux de la région d'Agen sous le contrôle de l'évêque du diocèse, en 1248. Cependant, les inquisiteurs considèrent qu'un tel contrôle va à l'encontre de l'efficacité de leur action. Outrés de cette entrave mise à leur mission, les juges dominicains se démettent.
Après l'apogée de la seconde moitié du XIIIe siècle, l'accumulation des requêtes dénonçant des abus persuade la papauté d'entreprendre une réforme d'ensemble. Clément V confie en 1306 une enquête concernant les inquisiteurs de Carcassonne à deux cardinaux, Béranger Frédol et Pierre Taillefer de La Chapelle. En 1311-1312, suite au concile de Vienne, il promulgue les constitutions Multorum querela et Nolentes, qui prescrivent la collaboration avec l'ordinaire pour les actes les plus importants de la procédure : recours à la torture (déjà autorisée depuis 1252, bulle Ad Extirpenda), sentence, contrôle des prisons, etc. Ici encore, l'Inquisition proteste contre ces nouvelles règles, le célèbre inquisiteur Bernard Gui dénonçant leur caractère selon lui contre-productif. En 1321, Jean XXII doit réitérer les règles dans sa constitution Cum Mathaeus.
Par la suite, l'évolution ira toujours vers plus de contrôle de l'inquisiteur, et une intégration croissante au fonctionnement judiciaire local. Progressivement, l'Inquisition devient une annexe du tribunal ecclésiastique, dont l'inquisiteur devient progressivement le procureur général avant la lettre.
Au XIVe siècle, l'attitude change : forts du développement de la centralisation et des administrations, les princes entendent contrôler eux-mêmes l'Inquisition. En 1302 et 1304, Philippe le Bel se pose comme arbitre dans le conflit qui oppose la population du Languedoc et l'Inquisition de Carcassonne[76]. Philippe obtient ensuite du pape la participation de l'Inquisition au procès contre les Templiers.
En 1403, le Parlement de Paris se saisit d'un conflit entre l'inquisiteur de Cambrai et l'archevêque de Reims, et tranche en faveur de ce dernier. En 1412, l'inquisiteur de Toulouse est arrêté, jugé trop inféodé à la papauté. En 1430, lors du procès de Jeanne d'Arc, son accusateur, Pierre Cauchon, insiste pour obtenir la collaboration du dominicain Jean Le Maître, vicaire de l'inquisiteur de Rouen, malgré les réticences de ce dernier. En 1485, l'inquisiteur de France s'affirme comme tel « par le Saint-Siège et le Parlement».
Instrumentalisée, appelée sur le devant de la scène en cas de besoin et reléguée en arrière-plan le reste du temps, l'Inquisition perd peu à peu sa substance, alors que ses prérogatives passent aux États. Même si des tribunaux subsistent à Toulouse et Carcassonne jusqu'au XVIIe siècle, elle disparaît en pratique au XVe siècle. Lors de la Réforme protestante, ce sont les Parlements français qui connaîtront des cas d'hérésie.
Il est difficile de produire un bilan chiffré de l'activité de l'Inquisition médiévale : les données sont tardives — donc situées à une époque où la répression est moindre — et localisées. Cependant, à titre d'exemple, on peut citer les éléments suivants :
À Turin, on répertorie 200 condamnations en un peu plus de 80 ans (de 1312 à 1395), parmi lesquelles : 22 peines capitales, 41 ports de croix et 22 peines médicinales (amende, pèlerinage, etc.)
L'analyse des archives de Bernard Gui a montré qu'en seize ans (1307-1323) d'exercice à Toulouse, il a prononcé 501 peines et 243 remises de peine, la plupart du temps pour mettre fin à une détention. Plus précisément, il ordonne 29 sentences capitales, 80 condamnations au bûcher concernant des cadavres exhumés, 13 peines de mur étroit (prison ferme), 231 peines de mur large (assignation à résidence) et 107 peines infamantes. Le plus important bûcher, ordonné le 5 avril 1310, fait 17 victimes.
L'historien Yves Dossat qualifie la peine du feu d'exceptionnelle, et souligne que « les exécutions massives ne sont guère compatibles avec un tel système de répression. » Quelques inquisiteurs se signalent néanmoins par leur zèle : Conrad de Marbourg ordonne de nombreux bûchers avant d'être assassiné. Robert le Bougre multiplie les exécutions lors de sa tournée de 1233-1234 à la Charité-sur-Loire puis de février-mars 1236 dans le Nord de la France. Le 13 mai 1239, au mont Aimé, 183 cathares, dont un seul « parfait », sont livrés aux flammes sur son ordre.
(source? je me souviens plus
)
